В мастерской во имя Св. преп. Алипия Печерского завершена работа над двумя иконами с необычной историей. Образы Спаса Смоленского и Святого Николая Можайского являются списками с надвратных фресок Спасской и Никольской башен Московского Кремля. Фрески считались утраченными до 2010 года, когда, по инициативе Фонда Андрея Первозванного, они были обнаружены, раскрыты, а затем отреставрированы и освящены. Вся эта колоссальная (как по сложности, так и по духовной значимости) работа была проведена под руководством Фонда примерно за полгода. Иконописцами мастерской во имя Св. преп. Алипия Печерского выполнены списки с данных фресок. Иконы написаны по заказу одного из крупнейших меценатов современности, состоящего в Попечительском совете Фонда Святого Всехвального апостола Андрея Первозванного.
Обе фрески — образ Спаса Смоленского на Спасской башне и образ Св. Николая Можайского на Никольской — относятся к XV-XVI векам. Спас Смоленский (Спас с припадающими) — икона, созданная в честь присоединения Смоленска к Московскому княжеству в 1514 году. Она была помещена над Фроловскими (ныне Спасскими) воротами Кремля, несколькими годами позднее заменена фреской. Образ неоднократно являл свою чудотворную силу в войнах — например, французским мародёрам не удалось похитить её драгоценный оклад в 1812 году. Не иначе как чудом и силой веры можно объяснить и то, что икона уцелела при советской власти. В 30-е годы XX века верующий реставратор мастерской Грабаря, вопреки указаниям властей, надёжно закрыл фреску металлической сеткой и бетоном. Поэтому, когда в 2010 году изображение было раскрыто, его сохранность составляла почти 80%. Реставраторы установили, что фреска неоднократно подновлялась — в настоящее время она раскрыта на красочном слое конца XVII — начала XVIII века.
Данный образ Спаса — ростовое изображение Христа со склонившимися к его стопам Святыми старцами — Сергием Радонежским и Варлаамом Хутынским. Отсюда и другое название икон такого типа — «Спас с припадающими». Надвратная фреска имеет прямоугольную форму и зелёный фон с золотыми узорами. Однако сам образ, написанный на золотом фоне и имеющий фигурное завершение, как бы вложен в неё, отделённый киноварной опушью. Икона мастерской сохраняет все основные художественные особенности старинной фрески, дополняя их. Иконная доска имеет фигурный ковчег (углубление) в контуре опуши. Фигура Спасителя, восприняв величие и монументальность древнего образа, написана в несколько более лёгкой, изящной манере. Фигуры коленопреклоненных старцев выполнены в более светлых, контрастных тонах.
Судьба фрески, изображающей Святого Николая Чудотворца в наиболее древнем и почитаемом на Руси образе Николы Можайского, была не столь счастливой. Она считается даже более древней, чем фреска на Спасской башне (конец XV века), но, очевидно, её реставрации в прежние века не уделялось много внимания. Раскрытый красочный слой донёс до нас следы средневековых пожаров, но главной проблемой были сильные повреждения от пуль и снарядов революционных боёв 1917 года. К счастью, графья (прорись, контурный набросок на штукатурке) сохранилась даже там, где сильно пострадал красочный слой, что облегчило труд реставраторов.
Данное ростовое изображение Святого Николая Можайского на золотом фоне также известно как «Никола с градами». Николай Угодник изображён в епископском облачении (фелонь, омофор, епитрахиль), в синем хитоне с золотыми полосами. В правой руке он держит поднятый меч, в левой — условное изображение городских стен, обступающих церковь. На иконе мастерской сохранены композиционные особенности фрески, вплоть до мельчайших деталей, а цветовое решение изменено. Цвета иконы — яркие, контрастные и чистые, какими они могли быть и на фреске в момент создания. Особое внимание мастера уделили лику Чудотворца, сообщив его чертам особую ясность, кротость и, вместе с тем, силу.
Данные работы, созданные в мастерской для Фонда Святого Всехвального апостола Андрея Первозванного, — важный пример преемственности в иконописной традиции. Ещё более значим для православной культуры сам факт находок такого масштаба в Московском Кремле — это свидетельство плодотворнейшей работы по возрождению духовных наследия.